Berdasarkan kalender pendidikan, menjelang tahun ajaran baru 2020/2021 SMK Negeri 2 Yogyakarta menyelenggarakan kegiatan Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB). Sistem PPDB  yang digunakan  adalah Real Time Online (RTO).

    PPDB Sistem RTO adalah kegiatan penerimaan calon Peserta didik baru yang memenuhi syarat tertentu untuk memperoleh pendidikan pada satuan pendidikan, mengikuti suatu jenjang pendidikan, atau menuju jenjang pendidikan yang lebih tinggi dengan Sistem Real Time Online (sistem waktu nyata). Penerimaan Peserta didik baru (PPDB) Sistem Real Time Online bertujuan memberikan kesempatan yang seluas-luasnya kepada setiap warga negara agar memperoleh layanan pendaftaran secara cepat, transparan, dan dapat dipertanggungjawabkan. Asas penyelenggaraan PPDB yaitu: objektif, transparan, akuntabel, dan kompetitif.

    Rangkaian proses PPDB RTO menggunakan fasilitas internet dalam proses pendaftarannya. Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olahraga DIY bekerja sama  dengan software developer menyediakan software, server, dan basis data nilai yang dapat diakses dari semua sekolah peserta PPDB RTO. Proses seleksi secara otomatis dilaksanakan oleh software PPDB RTO dengan cara merangking nilai Gabungan (nilai hasil penjumlahan Nilai rerata rapor, Rerata Nilai Ujian sekolah Berstandar Nasional (USBN) SD/MI, nilai rerata UN sekolah 4 tahun terakhir dan nilai akreditasi sekolah, perhitungan lebih lanjut diatur dalam keputusan kepala Dinas) dari nilai tertinggi sampai dengan nilai terendah. Kemudian, diambil peserta PPDB berdasar daya tampung sekolah yang bersangkutan dan kuota yang ditentukan sesuai jalur masuk yang digunakan. Hasil sementara maupun seleksi akhir dapat diakses melalui internet.